Mario Botta nasceu em Mendrisio, Ticino, no dia 1 de abril de 1943. Depois de um estágio em Lugano, frequentou a Escola de Belas-Artes de Milão e depois estudou Arquitetura em Veneza. Orientado por Carlo Scarpa e Giuseppe Mazzariol, obteve o seu diploma em 1969. Durante o tempo que esteve em Veneza, teve a oportunidade de conhecer e trabalhar para Le Corbusier e para Louis I. Kahn.

A sua atividade profissional começou em 1970, em Lugano. Desde então, dá aulas, participa em conferências, seminários e cursos em muitas escolas de arquitetura na Europa, na Ásia, nos Estados Unidos e na América Latina. Foi professor convidado no Instituto Politécnico de Lausanne, em 1976, e na Faculdade de Arquitetura de Yale, em New Haven, em 1987. Em 1983, foi nomeado professor das Escolas Politécnicas Suíças. de 1982 a 1987, foi membro da Comissão Suíça de Belas-Artes.

Tendo começado por casas unifamiliares em Ticino, o seu trabalho evoluiu para outras tipologias de edifícios, como escolas, bancos, edifícios governamentais, bibliotecas, museus e locais de culto.

Entre os trabalhos mais importantes de Botta encontram-se o Museu de Arte Moderna de São Francisco; a Catedral da Ressurreição, em Evry, França; o Museu Tinguely, em Basileia, na Suíça; a Sinagoga Cymbalista e o Centro de Herança Judaica, em Tel Aviv, Israel; a Biblioteca Central de Dortmund, na Alemanha; o Museu de Arte Contemporânea de Trento e Rovereto (MART), em Rovereto, Itália; a Torre Kyobo e o Leeum, Museu de Arte Samsung, em Seul, na Coreia do Sul; os escritórios de Tata Consultancy Services em Nova Deli e Hyderabad, na Índia; a Igreja do Papa João XXIII, em Seriate, Itália; a restauração do Teatro alla Scalla, em Milão, Itália; a igreja Santo Volto, em Turim, Itália; o Centro de Bem-estar Tschuggen Bergoase, em Arosa, na Suíça; o Museu Bechtler de Arte Moderna, em Charlotte, EUA; a sede e as residências da Campari em Sesto San Giovanni, Itália; a biblioteca e o Museu de Arte da Universidade Tsinghua, em Pequim, na China; o planeamento urbano da zona Ex Appiani, em Treviso, Itália; o Hotel Twelve at Hengshan, em Xangai, na China e o recentemente inaugurado Restaurante Fiore di Pietra, em Monte Generoso, na Suíça.

O seu trabalho é mundialmente reconhecido e foi apresentado em inúmeras exposições. Membro honorário de diversas instituições culturais, Botta recebeu títulos honorários de várias universidades na Argentina, Grécia, Roménia, Bulgária, Brasil e Suíça.

Em 1996, foi fundador e principal influenciador da Academia de Arquitetura em Mendrisio, onde continua a dar aulas e onde foi reitor em 2002-2003 e novamente em 2011-2013.

Como parte da dedicação à promoção do debate cultural sobre arquitetura, Botta concebeu o Teatro dell’Architettura, em Mendrisio, na Suíça, que abriu em outubro de 2018.