Mario Botta werd op 1 april 1943 geboren in Mendrisio, Ticino. Na een stage in Lugano studeerde hij eerst aan het Art College in Milaan en vervolgens aan het Universitair Instituut voor Architectuur in Venetië. Onder leiding van Carlo Scarpa en Giuseppe Mazzariol ontving hij in 1969 zijn beroepsdiploma. Gedurende zijn tijd in Venetië ontmoette en werkte hij voor Le Corbusier en Louis I. Kahn.

Zijn professionele loopbaan begon in 1970 in Lugano. Sindsdien heeft hij veel onderwezen door lezingen, seminars en cursussen te geven op veel architectuurscholen in Europa, Azië, de Verenigde Staten en Latijns-Amerika. Hij was in 1976 gastprofessor aan het Polytechnisch Instituut van Lausanne en in 1987 aan de Yale School of Architecture in New Haven. In 1983 werd hij benoemd tot professor in de Zwitserse Polytechnische Scholen. Van 1982 tot 1987 was hij lid van de Zwitserse Federale Commissie voor Schone Kunsten.

Hij begon ooit met eengezinswoningen in Ticino en heeft zijn werk inmiddels ontwikkeld tot veel andere bouwsoorten, zoals scholen, banken, administratiegebouwen, bibliotheken, musea en gebedshuizen.

Botta's meest opzienbarende werken zijn het San Francisco Museum of Modern Art, VS, de Cathédrale de la Résurrection in Evry, Frankrijk, het Museum Tinguely in Bazel, Zwitserland, de Cymbalista Synagogue and Jewish Heritage Center in Tel Aviv, Israël, de Centrale Bibliotheek van Dortmund, Duitsland, het Museum voor Moderne en Hedendaagse Kunst van Trento en Rovereto (MART) in Rovereto, Italië, de Kyobo Tower en het Leeum, Samsung Museum of Art in Seoul, Zuid-Korea, het Tata Consultancy Services-kantoor in New Delhi en Hyderabad, India, de Papa Giovanni XXIII-kerk in Seriate, Italië, de restauratie van het Teatro alla Scala in Milaan, Italië, de Santo Volto-kerk in Turijn, Italië, het wellnesscentrum Tøvuggen Bergoase in Arosa, Zwitserland, het Bechtler Museum of Modern Art in Charlotte, VS, het hoofdkantoor en de residenties van Campari in Sesto San Giovanni, Italië, de Tsinghua Universiteitsbibliotheek en het Tsinghua University Art Museum in Beijing, China, de stadsplanning van het Ex Appiani-gebied in Treviso, Italië, het Twelve at Hengshan-hotel in Shanghai, China en het onlangs ingewijde Fiore di Pietra Restaurant op Monte Generoso, Zwitserland.

Zijn werk wordt wereldwijd erkend en wordt in veel exposities gepresenteerd. Botta is erelid van veel culturele instellingen en heeft eredoctoraten van verschillende universiteiten in Argentinië, Griekenland, Roemenië, Bulgarije, Brazilië en Zwitserland ontvangen.

In 1996 was Botta oprichter en belangrijkste beïnvloeder van de Academie van architectuur in Mendrisio, waar hij nog steeds lesgeeft, en waar hij in 2002-2003 en in 2011-2013 decaan was.

Als onderdeel van de toewijding van Botta aan de bevordering van het culturele debat over architectuur, heeft hij het Teatro dell'Architeturra in Mendrisio, Zwitserland, ontworpen, dat in oktober 2018 werd geopend.